14年前，初号(hào )机疑似神化(📼)第一形(xíng )态(🍩)的觉(jiào )醒带来近三(sān )(🕸)冲击，使(🤢)世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴(qín )乃 配(pèi )音）等NERV旧部出走，成(🤷)立(🗄)了反抗seele和NERV的Wille。Wille授(shòu )命明日(🖍)香(🚑)（宫(🥀)村优(🤯)子 配音(🔊)）和真里(lǐ )（坂本真绫 配音(yīn )）夺回被(bèi )封印(yìn )在卫(🦗)星轨道上的初号(hào )机和碇真嗣(sì )（绪(🏂)方惠美 配音(yīn )），但(🙉)绝对禁止真嗣(sì )(🍄)登上(shàng )初(chū )号(hào )机。感受(shòu )(🤲)到周(⛳)遭的(💠)敌意(yì )，懵(🤳)懂(🎋)的真(🕐)嗣跟随绫(🧣)波丽(lì )（林(lín )原惠美 配音）登(dēng )上突然入(👊)侵的(💍)九号机，返回了(le )千疮百孔的NERV总部。在这(zhè )里，他意外重逢朝思(sī )夜(yè )(🈺)想(🤔)的(📧)绫(líng )波，还从(📛)父亲(qīn )那里(lǐ )得知自(zì )己(jǐ )(♌)将和(🥅)美少年渚(🔞)薰（(🚲)石田彰(zhāng )